Akcja gry rozpoczyna się pięć lat po wydarzeniach opisanych przez Andrzeja Sapkowskiego. Tajemniczy osobnik ucieka w deszczu przez las. Pada z wycieńczenia. Krótko potem zostaje odnaleziony przez grupę wiedźminów, którzy rozpoznają w nim rzekomo zmarłego Geralta z Rivii. Geralt zostaje zabrany do siedziby wiedźminów, Kaer Morhen. Tam spotyka swoich starych znajomych – Vesemira i Triss Merigold. Jednak cierpiący na amnezję bohater nie pamięta żadnych wydarzeń ze swojej przeszłości.

Radość z odnalezienia starego znajomego przerywa niespodziewany atak na Kaer Morhen, kierowany przez potężnego maga i jego tajemniczego wspólnika, zwanego Magistrem. Szybko okazuje się, iż bandyci zaatakowali Kaer Morhen tylko po to, aby zdobyć wiedźmińskie mutagenne eliksiry. Po odpartym ataku wiedźmini i Triss rozdzielają się, Geralt rusza do Temerii, odnaleźć człowieka stojącego za atakiem. Trafia na przedmieścia stolicy Temerii, Wyzimy. Tam stara się dostać do odciętego przez kwarantannę miasta oraz przypomnieć sobie utracone wspomnienia z przeszłości.